З'яўленне манахаў Таварыства Ісуса ў Полацку звязана з абяцаннем Сцяпана Батуры: пад час цяжкай аблогі Полацка ён дакляраваў у выпадку перамогі зафундаваць у Полацку езуіцкі кляштар, што і было выканана. 2 ліпеня 1580 года ўжо адбылася закладка езуіцкага калегіума, на якой прысутнічаў сам манарх. Першым рэктарам стаў славуты царкоўны і палітычны дзяяч Рэчы Паспалітай Пётра Скарга. У першы навучальны год бацькі прывялі да манахаў толькі пяць вучняў, ды хутка бар'ер недаверу быў зламаны, і ў калегіум паступілі нават сыны праваслаўнага полацкага епіскапа Феафана і ваяводы Мікалая Дарагастайскага, што быў заўзятым кальвіністам.

Езуіцкія школы Беларусі, як і ўсяго свету, кіраваліся прынятым генеральнай кангрэгацыяй ордэна ў 1581 годзе дакументам пад назовам «Спосаб і лад навучання», у аснову якога леглі працы прагрэсіўных педагогаў эпохі Рэнесансу і прынцыпы адукацыі Парыжскага ды іншых эўрапейскіх універсітэтаў і які быў складзены так грунтоўна і прадбачліва, што дзейнічаў да ХІХ стагоддзя.

Таварыства Ісуса стварыла найлепшую для свайго часу сістэму асветы. Айцы-езуіты вучылі задарма, не патрабавалі ад шкаляроў быць каталікамі ад нараджэння або мяняць веру; неабавязкова было належаць да шляхоцкага ці духоўнага стану: у калегіумы ахвотна прымалі дзяцей месцічаў і сялянаў. Не дапускаючы доўгіх пастоў, шкаляроў добра і разнастайна кармілі, шмат увагі аддавалі фізічнаму выхаванню і правілам паводзінаў сярод простага люду і ў вышэйшым свеце.

Навучанне ў калегіуме пачыналася з пяцікласнай гімназіі, дзе існавалі класы граматыкі, паэтыкі і рыторыкі. Тут выхаванцы айцоў-езуітаў дасканала авалодвалі лацінскаю і старажытнагрэцкаю мовамі. Як сведчаць гадавыя справаздачы, выкладанне ў малодшых класах, пакуль вучні не зусім вольна пачуваліся ў лаціне, да сярэдзіны ХVІІ стагоддзя ішло па-беларуску. У праграме існаваў адмысловы курс беларускай мовы. Было дасканала наладжана спаборніцтва паміж класамі і вучнямі, якія маглі заваёўваць ганаровыя званні дыктатараў, імператараў, аўдытараў, цэнзараў, што давалі розныя прывілеі. У навучальным працэсе дзейнічаў прынцып канцэнтрацыі, што вымагаў ад выкладчыка засяродзіцца на ўроку толькі на адной праблеме. Прынцып практычнасці патрабаваў выкарыстання засвоеных ведаў у жыцці. Завяршыўшы тэму, вучні пісалі па ёй лісты і вершы, выступалі з прамовамі і ставілі спектаклі. Перагружаць выхаванцаў забаранялася. Дзённая норма навучальнага матэрыялу ў другім класе складалася з аднаго правіла і чатырох сказаў антычнага пісьменніка. Гэтулькі ж прафесар задаваў на дом. Педагогі кіраваліся таксама прынцыпамі індывідуальнага падыходу і паступовага ўскладнення заданняў. Вучні малодшых класаў пачыналі з дыктантаў, якія перакладалі на родную мову, а потым рабілі пераклад выпраўленага настаўнікам тэксту назад на лаціну. У класах паэтыкі і рыторыкі пісалі празаічныя і паэтычныя перайманні старажытных аўтараў.

Пасля гімназіі можна было вучыцца далей на трохгадовым курсе філасофіі, а потым - на чатырохгадовым тэалагічным, аднак сюды мелі права паступаць толькі сябры і кандыдаты ордэна. Падмуркам філасофскага курса служылі трактаты Арыстотэля, тэалагічнага - погляды Тамаша Аквінскага.

У сярэдзіне ХVІІІ стагоддзя ў Беларусі, апрача Полацкага, існавалі яшчэ восем езуіцкіх калегіумаў, якія можна з пэўнымі агаворкамі лічыць вышэйшымі навучальнымі ўстановамі гуманітарнага цыкла. Полацкі калегіум належаў да гэтак званых поўных і адрозніваўся ад універсітэта толькі тым, што не меў ягонае аўтаноміі ды права прысуджаць навуковыя ступені.

Пры калегіуме абавязкова існаваў тэатр. У Полацку ён быў заснаваны ў 1585 годзе. Рэпертуар тэатраў складаўся з п'ес на антычныя і біблейныя тэмы, на сюжэты з айчыннай гісторыі. Першым спектаклем, які ўбачылі палачане, стала трагедыя «Навухаданосар». Ордэнскае кіраўніцтва пільна сачыла за школьнымі тэатрамі, загадваючы рэктарам увесь час абнаўляць рэпертуар «дзеля славы нашых навучальняў, каб гледачы пазбеглі сумоты». На пачатку ХІХ стагоддзя полацкі тэатр ставіў спектаклі на лацінскай і французскай мовах, а таксама па-польску, прычым персанажы з ліку паспалітых людзей гаварылі на сцэне па-беларуску.

У Полацкім калегіуме чытаў універсітэцкія курсы паэтыкі і рыторыкі філосаф і слынны паэт-лацініст Мацей Казімір Сарбеўскі (1595-1640), які першы з славянаў быў ганараваны на Капіталійскім пагорку ў Рыме лаўровым вянком і названы «хрысціянскім Гарацыем». Тут выкладаў рыторыку ягоны сучаснік Жыгімонт Лаўксмін, чыя кніга «Практычнае красамоўства» пасля выдання ў Вялікім Княстве Літоўскім вытрымала адзінаццаць выданняў у Вене, Мюнхене, Празе, Франкфурце... У ліку педагогаў быў беларус Марцін Пачабут-Адляніцкі - вучоны-энцыклапедыст, будучы рэктар Віленскага ўніверсітэта, сябар Каралеўскага астранамічнага таварыства ў Лондане, сябар-карэспандэнт Парыжскай Акадэміі навук.

Высокі ўзлёт Полацкі калегіум зазнаў у апошняй чвэрці ХVІІІ стагоддзя, калі забаронены папам Кліментам ХІV Ордэн езуітаў захаваўся з дазволу Кацярыны ІІ толькі ў Беларусі, а Полацак зрабіўся ордэнскаю сталіцай. Сярод сяброў Таварыства Ісуса, што з'язджаліся сюды з усяго свету, было шмат выдатных навукоўцаў, педагогаў, мастакоў і літаратараў. Пасаду прафесара тэалогіі і архітэктуры ў калегіуме займаў таленавіты італьянскі прапаведнік, жывапісец і дойлід Каятан Анджыяліні. Полацкім студэнтам чытаў лекцыі доктар Сарбонскага ўніверсітэта, паліглот, гісторык і археолаг Дзід'е Рышардо. Выкладчыкам калегіума, а затым і генералам ордэна быў славенец Габрыэль Грубэр, з імем якога звязана абсталяванне астранамічнага, фізічнага, мінералагічнага ды іншых навучальных кабінетаў, а таксама стварэнне карціннай галерэі і адчыненага ў 1789 годзе музея. Музей меў мноства мастацкіх вырабаў з каштоўных камянёў, каралу і бурштыну, унікальныя нумізматычную і археалагічную калекцыі, зброю розных часоў і народаў, рукапісы старажытных актаў... У карціннай галерэі знаходзіліся карціны Рубенса, копіі з Рафаэля і Тыцыяна, дзве тысячы гравюраў, некалькі дзесяткаў выяваў вядомых педагогаў і выпускнікоў калегіума.

Праграма 1796 года (тады ў калегіуме было 300 студэнтаў) сведчыць, што ў гэты час тут вывучалі беларускую, расейскую, французскую і нямецкую мовы, агульную гісторыю, фізічную і палітычную геаграфію, алгебру, тэарэтычную і практычную механіку і гідраўліку, цывільную і вайсковую архітэктуру, тэорыю жывапісу, балістыку, піратэхніку і розныя рамёствы. На філасофскім курсе выкладаліся этыка і псіхалогія, логіка, анталогія (вучэнне пра быццё), этыялогія (медычная навука аб прычынах і ўмовах узнікнення хваробаў), касмалогія, астраномія, эксперыментальная фізіка, оптыка, найвышэйшая матэматыка. У параўнанні з езуіцкімі школамі навучальныя ўстановы царскай імперыі былі настолькі прымітыўныя, што расейская знаць, каб даць дзецям прыстойную адукацыю, часта прывозіла іх у Беларусь.

Выпускніком Полацкага калегіума быў адзін з пачынальнікаў новай беларускай літаратуры Ян Баршчэўскі, аўтар знакамітай кнігі «Шляхціч Завальня, або Беларусь у фантастычных апавяданнях». Тут вучыўся вядомы польскі пісьменнік і гісторык Нікодам Мусніцкі. Сярод выхаванцаў калегіума - беларускі жывапісец Валянцін Ваньковіч, расейскі медальер, скульптар і гравёр Фёдар Талстой.

У 1812 годзе калегіум быў пераўтвораны ў акадэмію з усімі правамі ўніверсітэта.